Raisio sijaitsee meren läheisyydessä, mutta tästä huolimatta varsinaista meren rantaa on kaupungin alueella vain vähän. Kaupungilla ei ole siitä johtuen myöskään yleisiä uimarantoja.
Raision pintavesialueet ovat pienet. Vesistöjen vähäisyys nostaa luonnollisesti niiden arvoa. Raisionjoki kolmine jokeen padottuine altaineen (Merttilä, Lähteenmäki ja Hintsa) sekä joen varteen rakennettu Haunistenallas ovat toimineet tärkeinä raakavesilähteinä. Jatkossa varsinkin Haunisten altaasta ympäristöineen on kaavailtu virkistyskäyttöön.
Raisionlahti on pitkään tunnettu arvokkaana lintukohteena. Sen arvokkuus noteerattiin myös valtion taholta, kun se vuonna 1982 otettiin mukaan valtakunnallisiin suojeluohjelmiin lähinnä linnustonsa vuoksi. Vuonna 1984 kaupunki tuki omalta osaltaan tätä näkemystä ja rauhoitti Raisionlahdelta omistamansa alueen sen arvokkaiden rantaniittyjen ja lintulajiston rikkauden tähden. Tälle rauhoitetulle osalle lahtea rakennettiin myös alueen ainoa lintutorni, joka on ollut innokkaiden ”lintubongaajien” ahkerassa käytössä.
Raisionlahteen laskee kolme ojaa: Piuhanoja, Järvenoja ja Keskustanoja. Näistä suurimman kuormituksen lahteen tuo Piuhanoja. Raisionlahdelle 2004 laaditussa hoito- ja käyttösuunnitelmassa on ehdotettu ojiin rakennettavaksi laskeutusaltaita, jotta kuormitusta lahteen saataisiin vähennettyä. Myös nyt kolmena vuonna lahden ruovikon leikkuu tähtää tähän samaan tavoitteeseen ja samalla edesauttaa laidunnuksen ohella Raisionlahden vanhoja rantaniittyjä elpymään.
Vesiensuojeluun liittyen Raision kaupunki on mukana Turun ja Helsingin kaupunkien alulle laittamassa Itämerihaasteessa. Iätmerihaasteeseen liittyen Raision kaupungissa hyväksyttiin toimenpideohjelma, jota toteuttamalla Raision kaupunki omalta osaltaan pyrkii vaikuttamaan Itämeren tilan parantamiseksi.